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Fauglia ed il suo Comune sono posti all'inizio delle Colline Pisane Inferiori, a sud del Valdarno inferiore. Il paese di Fauglia è disteso su di una di queste colline, in direzione nord-sud, posizione che lo rende caratteristico per la sua unica strada che lo attraversa, lungo la quale si affacciano edifici, palazzi e piazzette. Il suo territorio è prevalentemente collinare, ma non mancano porzioni pianeggianti come le zone intorno alle frazioni di Valtriano (nota anche per i mobilifici) e di Acciaiolo. Luciana, fondata forse in una possessione della gente dei Lucii come riporta il Repetti, si erge invece su una collina, a guardia della piana del torrente Tora, il corso d'acqua principale del comune. La frazione di Poggio Pallone è anch'essa in collina, adiacente all'abitato di Collesalvetti (praticamente ne costituisce un quartiere extra-comunale). Le Vallicelle, i Poggetti e Santo Regolo risultano aggregati di poche abitazioni, sparse fra le alture intorno alla piana del Tora.